·1995年7月獲北京市高校系統自然科學學報“三優”評比一等獎;11月獲國家教委“全國高校自然科學學報系統優秀學報二等獎”

　　·1996年11月獲國家教委“國家教委系統優秀科技期刊一等獎”

　　·1997年3月獲中宣部、新聞出版署、國家科委聯合頒發的“第二屆全國優秀科技期刊一等獎”

　　·1999年5月獲教育部“全國高校優秀科技期刊一等獎”

　　·1999年10月獲首屆“國家期刊獎”

　　·2001年11月經新聞出版總署和科技部等有關部委選定, 進入國家“期刊方陣”中最高一層的“雙高”(高水平、高知名度)期刊陣列, 成為教育部主管的綜合性大學自然科學學報唯一入選者

　　·2002年12月獲第二屆“國家期刊獎”提名獎

　　·2004年9月獲教育部“全國高校優秀科技期刊一等獎”

　　·2005年1月獲第三屆“國家期刊獎”提名獎

　　·2009年獲中國期刊協會“新中國60年有影響力的期刊”獎

　　·2010年12月獲第二屆中國出版政府獎期刊獎提名獎

　　·2010年以來歷年獲得教育部科技發展中心“中國科技論文在線優秀期刊”一等獎

　　·2006年以來獲教育部歷屆“中國高校精品期刊獎”和“中國高校杰出科技期刊獎”

　　·入選中國科學技術信息研究所歷屆“中國精品科技期刊”

　　·2005年以來19次入選中國科學技術信息研究所“百種中國杰出學術期刊”

　　·2024年入選中國科技期刊卓越行動計劃二期“中文領軍期刊”項目