《北京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào)》為國內(nèi)6大檢索系統(tǒng)10余種檢索刊物的主要刊源，被以下國內(nèi)外重要檢索系統(tǒng)、數(shù)據(jù)庫收錄：中國科技核心期刊(中國科學(xué)技術(shù)信息研究所)、中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(CSCD)(中國科學(xué)院文獻(xiàn)情報(bào)中心)、中文核心期刊要目總覽(北京大學(xué)圖書館)、中國生物醫(yī)學(xué)核心期刊(中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)信息研究所)、中文生物醫(yī)學(xué)期刊文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(CMCC)(解放軍醫(yī)學(xué)圖書館)、中國學(xué)術(shù)期刊綜合評價(jià)數(shù)據(jù)庫(CAJCED)(中國科學(xué)文獻(xiàn)計(jì)量評價(jià)研究中心)、《中國醫(yī)學(xué)文摘》、“中國精品科技期刊頂尖學(xué)術(shù)論文平臺(F5000)”項(xiàng)目來源期刊(中國科學(xué)技術(shù)信息研究所)、美國《化學(xué)文摘》(CA)、美國《國際藥學(xué)文摘》(IPA)、美國《劍橋科學(xué)文摘》(CSA)、美國《烏利希期刊指南》(Ulrich PD)、美國《史蒂芬斯全文數(shù)據(jù)庫》(EBSCO host)、《日本科學(xué)技術(shù)振興機(jī)構(gòu)中國文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫》(JST)。