《山東農業大學學報（自然科學版）》是中科雙效期刊。

　　1992年，該刊被評為全國優秀科技期刊，獲全國高等農業院校優秀學報一等獎。

　　1995年，該刊獲全國高等農業院校優秀學報一等獎、全國高校自然科學學報二等獎。

　　1996年，該刊被評為山東省優秀科技期刊。

　　1997年，該刊被評為華東地區優秀期刊。

　　1999年，該刊被評為泰安市十佳期刊。