1. 獲安徽省政府社會科學獎一等獎(2019年);

　　2. 獲國家新聞出版廣電總局“中國‘百強’報刊”稱號(2013、2015、2017);

　　3. 科技部中信所連續評為“百種中國杰出學術期刊”和“中國科技精品期刊”(2006～2019年);

　　4. 中國高校科技期刊研究會評為“中國高校百佳科技期刊”(2018年);

　　5. 第1、3屆華東地區優秀期刊評審委員會評為“華東地區優秀期刊一等獎”(1993、2003年);

　　6. 被安徽省期刊協會評為“杰出期刊”(2020年);

　　7. 被安徽省新聞出版局評為“十佳皖版期刊”(2018年);

　　8. 由中國學術期刊評價委員會、武漢大學中國科學評價研究中心、科技部中信所、美國Thomson Scientific集團等合作研發的《中國學術期刊評價研究報告———RCCSE權威，核心期刊排行榜與指南》一書中《中國藥理學通報》被評為A+ (5%)，稱權威期刊，并在國內67種藥學學術期刊中名列第一 (連續三屆);

　　9. 第2、第3屆國家期刊獎百種重點期刊獎(2003，2005);

　　10. 第1、第2屆中宣部、科技部和國家新聞出版總署全國優秀期刊二等獎(1992、1997年，后停辦);

　　11. 連續獲中國科學技術協會和國家自然科學基金專項資金資助(自1999年起

　　12. 連續榮獲中國科協精品期刊工程示范項目及學術創新引領項目資金資助(2006～2018年)。

　　1. 本刊被中國科學院文獻情報中心中國科學引文數據庫(CSCD)確定為醫學類核心期刊(1993年起，現核心庫期刊909種);

　　2. 被北京大學圖書館主編《中文核心期刊要目總覽》(北大核心)第1~8版(科技類期刊1 243種，其中醫藥衛生期刊232種)選定為藥學類核心期刊;

　　3. 被國家科技部科技信息研究所確定為中國科技論文統計源期刊(中國科技核心期刊);

　　4. 其他：國內：《中國學術期刊文摘》、《中國基礎醫學文摘》、《中國藥學文摘》、《中國生物學文摘》、《中國學術期刊(光盤版)》、《萬方數據庫》、《維普數據庫》等;

　　國際：Chemical Abstract(美國)、《Corrent Bulletin on Science and Technology, CBST》(日本)、Biological Abstract (美國)、Biochemical Abstract(美國)、EMBASE / Excerpta Medica(荷蘭)、Index Copernicus(波蘭)、Kunst and Wissen(德國)、WPRIM(世界衛生組織西太平洋地區醫學索引)、Scopus(荷蘭，2019 CiteScore 0.9)、A&I(荷蘭)、Centre for Agriculture and Biosciences international (CAB international,英國)、Biosis Previews(美國)等。