1. 獲安徽省政府社會科學(xué)獎一等獎(2019年);

　　2. 獲國家新聞出版廣電總局“中國‘百強’報刊”稱號(2013、2015、2017);

　　3. 科技部中信所連續(xù)評為“百種中國杰出學(xué)術(shù)期刊”和“中國科技精品期刊”(2006～2019年);

　　4. 中國高校科技期刊研究會評為“中國高校百佳科技期刊”(2018年);

　　5. 第1、3屆華東地區(qū)優(yōu)秀期刊評審委員會評為“華東地區(qū)優(yōu)秀期刊一等獎”(1993、2003年);

　　6. 被安徽省期刊協(xié)會評為“杰出期刊”(2020年);

　　7. 被安徽省新聞出版局評為“十佳皖版期刊”(2018年);

　　8. 由中國學(xué)術(shù)期刊評價委員會、武漢大學(xué)中國科學(xué)評價研究中心、科技部中信所、美國Thomson Scientific集團等合作研發(fā)的《中國學(xué)術(shù)期刊評價研究報告———RCCSE權(quán)威，核心期刊排行榜與指南》一書中《中國藥理學(xué)通報》被評為A+ (5%)，稱權(quán)威期刊，并在國內(nèi)67種藥學(xué)學(xué)術(shù)期刊中名列第一 (連續(xù)三屆);

　　9. 第2、第3屆國家期刊獎百種重點期刊獎(2003，2005);

　　10. 第1、第2屆中宣部、科技部和國家新聞出版總署全國優(yōu)秀期刊二等獎(1992、1997年，后停辦);

　　11. 連續(xù)獲中國科學(xué)技術(shù)協(xié)會和國家自然科學(xué)基金專項資金資助(自1999年起

　　12. 連續(xù)榮獲中國科協(xié)精品期刊工程示范項目及學(xué)術(shù)創(chuàng)新引領(lǐng)項目資金資助(2006～2018年)。

　　1. 本刊被中國科學(xué)院文獻情報中心中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(CSCD)確定為醫(yī)學(xué)類核心期刊(1993年起，現(xiàn)核心庫期刊909種);

　　2. 被北京大學(xué)圖書館主編《中文核心期刊要目總覽》(北大核心)第1~8版(科技類期刊1 243種，其中醫(yī)藥衛(wèi)生期刊232種)選定為藥學(xué)類核心期刊;

　　3. 被國家科技部科技信息研究所確定為中國科技論文統(tǒng)計源期刊(中國科技核心期刊);

　　4. 其他：國內(nèi)：《中國學(xué)術(shù)期刊文摘》、《中國基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)文摘》、《中國藥學(xué)文摘》、《中國生物學(xué)文摘》、《中國學(xué)術(shù)期刊(光盤版)》、《萬方數(shù)據(jù)庫》、《維普數(shù)據(jù)庫》等;

　　國際：Chemical Abstract(美國)、《Corrent Bulletin on Science and Technology, CBST》(日本)、Biological Abstract (美國)、Biochemical Abstract(美國)、EMBASE / Excerpta Medica(荷蘭)、Index Copernicus(波蘭)、Kunst and Wissen(德國)、WPRIM(世界衛(wèi)生組織西太平洋地區(qū)醫(yī)學(xué)索引)、Scopus(荷蘭，2019 CiteScore 0.9)、A&I(荷蘭)、Centre for Agriculture and Biosciences international (CAB international,英國)、Biosis Previews(美國)等。