本刊榮獲首屆“國家期刊獎”；2001年入選為“中國期刊方陣”雙高期刊。2002年被評為第2屆“國家期刊獎”百種重點科技期刊和第3屆“中國優(yōu)秀科技期刊獎”；2002~2015連續(xù)14屆榮獲“百種中國杰出學(xué)術(shù)期刊”稱號；2008、2011、2014年連續(xù)三屆榮獲“中國精品科技期刊”稱號；2011年榮獲第2屆“中國出版政府獎”期刊獎提名獎；2013年被國家新聞出版廣電總局推薦為“百強科技期刊”。
據(jù)中國科學(xué)技術(shù)信息研究所公布的核心期刊引文數(shù)據(jù)統(tǒng)計結(jié)果，2015年《藥學(xué)學(xué)報》影響因子：1.149，總被引頻次：3041。
本刊自1998～2005年來連續(xù)8年榮獲中國科協(xié)“擇優(yōu)支持基礎(chǔ)和高科技學(xué)術(shù)期刊”專項資助。2006~2015年榮獲中國科協(xié)精品科技期刊工程項目資助。