1999年獲“第二屆全國優秀地理期刊獎”;2000年獲“中國科學院優秀期刊三等獎”;2001年進入“中國期刊方陣—雙效期刊”。2003年獲科技部中國科技信息研究所評出的2002年度“百種中國杰出學術期刊”獎。《中國沙漠》是中國科學引文數據庫、中國學術期刊綜合評價數據庫、中國科技期刊數據庫等多家數據庫的來源期刊。