在最新頒布的中國地理資源領域高質量科技期刊分級目錄中，《自然資源學報》作為綜合評價中的重點期刊，分別在自然地理學領域108種期刊、人文地理學領域116種期刊和自然資源領域98種期刊中均位列T1區(T1級是指已經接近或具備國際一流期刊水平)。

　　自2019年以來，《自然資源學報》連續多次被評為“百種中國杰出學術期刊”(中信所)，連續六屆被評為“中國精品科技期刊”(中信所)，多次被評為“中國國際影響力優秀學術期刊”(中國知網)，2024年被評為“中國最具國際影響力學術期刊”(中國知網)。

　　2006-2017年(除2012年、2014年)連續獲得中國科協精品科技期刊項目資助，2021年度入選中國科協全國學會出版能力提升計劃產業發展服務項目、2023年入選中國科協全國學會期刊出版能力提升計劃高水平中文期刊培育項目，2024年12月入選中國科技期刊卓越行動計劃二期中文領軍期刊項目。

　　刊發的論文多次獲獎，如入選“中國百篇最具影響國內學術論文”、被人大報刊轉載和復印、入選自然資源部《國土空間規劃探索集》《國土空間規劃理論研究進展》論文集、獲文旅部及社科聯等省部級獎項、獲中國科協期刊優秀學術論文獎等。