生物信息學

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生物信息學 關注(): 期刊周期：季刊; 期刊級別：北大核心; 國內統一刊號：23-1513/Q; 國際標準刊號：1672-5565; 主辦單位：哈爾濱工業大學; 主管單位：中華人民共和國工業和信息化部; 上一本期雜志：《生物加工過程》生物科技論文; 下一本期雜志：《生命科學》科技期刊論文

　　【雜志簡介】

　　《生物信息學》(BioInformatics)是由哈爾濱工業大學主辦的生物信息及相關領域的國內外公開發行的學術刊物，報道我國生物信息技術研究開發的重要成果和國內外生物信息技術及其產業化最新進展。主要刊載生物信息及相關領域的研究進展、綜述、研究論文、研究簡報、技術與方法、專題評論等學術文章。登載的研究論文應是沒有在國內外公開出版的刊物上發表過的原始研究工作報告;綜述進展應結合作者研究領域的工作，對相關領域的發展及研究進展進行全面的介紹和評述，及時反映生物信息領域的發展熱點和最新進展;本刊還刊登有關生物信息技術國內外研究開發動態、簡訊、產業政策與產業發展動態、學術活動與展會通知、書評、短評、啟事等文章。

　　【收錄情況】

　　國家新聞出版總署收錄

　　該刊被以下數據庫收錄：中國科學引文數據庫(CSCD—2008)

　　【欄目設置】

　　研究論文、研究簡報、綜述進展、學科前沿、論壇、技術與方法、研究快訊(Letter)、評論、動態、產業報道、知識產權、新書推介、展會報道等。

　　雜志優秀目錄參考：

　　nc2Cancer：一個研究與癌癥相關人類非編碼RNA的數據庫程卓，劉珂，嚴章明，向書念，孫之榮，CHENG Zhuo，LIU Ke，YAN Zhangming，XIANG Shunian，SUN Zhirong?

　　基于高通量測序的長穗偃麥草功能分子標記發掘和分析劉贏，張軍，敖游，宋麗莉，束永俊，LIU Ying，ZHANG Jun，AO You，SONG Lili，SHU Yongjun?

　　大鼠肝臟半乳糖凝聚素-3 cDNA分子多樣性分析方恩浩，張珊珊，劉倩蕓，周建鐘，楊仙玉，FANG Enhao，ZHANG Shanshan，LIU Qianyun，ZHOU Jianzhong，YANG Xianyu

　　基于EST數據的水稻基因表達大規模初步分析宋東光，SONG Dongguang

　　基于氨基酸約化和統計特征的蛋白質亞細胞定位預測楊紅，徐慧敏，嚴壽江，陳靜，耿麗麗，姚玉華，YANG Hong，XU Huimin，YAN Shoujiang，CHEN Jing，GENG Lili，YAO Yuhua

　　農林院校生物信息學專業數據庫技術課程教學改革芻議鄭珂暉，溫永仙，ZHENG Kehui，WEN Yongxian?

　　ABIPGM測序平臺用于細菌基因組denovo測序的評價黃方亮，HUANG Fangliang

　　基于微信公眾平臺的文獻定制服務單光宇，盧一鳴，屈武斌，張成崗，SHAN Guangyu，LU Yiming，QU Wubin，ZHANG Chenggang

　　利用位點特異性打分矩陣對大腸桿菌啟動子的預測閆妍，萬平，YAN Yan，WAN Ping?

　　高維蛋白質波譜癌癥數據特征提取吳文峰，劉毅慧，WU Wenfeng，LIU Yihui?

　　工程論文發表：DCS在苯乙醇加氫裝置中的應用

　　摘要：DCS(集散控制系統)是現代生產型企業中的關鍵配置。苯乙醇加氫工藝具有高溫、高壓、易燃、易爆的特點，對過程控制系統提出了更高的要求。同時，苯乙醇加氫裝置中的重要裝置全面通過DCS系統進行控制，導致在設計與實施的過程中面臨更大的難度。該文對DCS在苯乙醇加氫裝置中的應用進行了分析，最終形成了滿足工藝要求、操作要求的過程控制系統。

　　關鍵詞：苯乙醇加氫裝置,DCS系統,項目管理

　　化工生產具有連續性，這一特點對控制系統的穩定性、可靠性提出了更高的要求。DCS系統設計包括硬件系統設計和應用軟件設計，信號分配是硬件系統設計和應用軟件設計之間的界面，這三個方面的設計內容是緊密相關，缺一不可的，共同為DCS系統的硬件配置和應用軟件組態提供了完整的依據。通過對DCS在苯乙醇加氫裝置中的應用進行研究，對于類似的項目實施與管理具有非常高的參考價值，為未來DCS系統在苯乙醇加氫裝置中的有效運用提供了參考與借鑒。

　　生物信息學最新期刊目錄

基于網絡藥理學、分子對接及動力學模擬研究Harriperforine治療肺癌的作用機制

摘要：前期研究發現新異戊烯基黃酮Harriperforine （HE）對A-549細胞具有顯著抑制活性(IC₅₀= 0.67 ± 0.04 μmol/L)，但其在肺癌中的作用機制尚不明確。本研究綜合運用網絡藥理學、分子對接及分子動力學模擬方法，探討HE抗肺癌的潛在分子機制。通過GeneCards與OMIM數據庫獲取肺癌相關靶點，結合SwissTarget與Super-PRED數據...

卵巢癌診斷DNA甲基化標志物挖掘

摘要：通過整合機器學習與DNA甲基化標志物分析，篩選高判別力的甲基化標志物，構建并驗證卵巢癌早期診斷模型，以提升診斷效能。首先從GEO數據庫獲取GSE155760和GSE267068兩個甲基化數據集，涵蓋132例樣本（36例正常、96例卵巢癌），使用Illumina EPIC芯片檢測全基因組甲基化水平。然后經數據預處理，通過limma差異分析和LASSO回歸篩選關鍵CpG位點，并利用KEGG進行通路富集...

識別新型肥厚型心肌病關鍵基因及其藥物預測

摘要：肥厚型心肌病（HCM）是一種以心肌肥厚為特征的遺傳性心肌疾病，其發病機制復雜，涉及多基因和多通路調控。相較于傳統單組學研究，本研究創新性地整合了轉錄組差異分析、通路活性評估與孟德爾隨機化因果推斷，系統識別HCM的關鍵致病基因及潛在藥物靶點。首先，基于GEO數據庫的GSE36961數據集篩選差異表達基因（DEGs）并進行基因集變異分析（GSVA）以揭示HCM的活躍通路；進而，利用芬蘭數據庫的HCM數...

壞死性凋亡和免疫浸潤在腹主動脈瘤中的生物信息學分析

摘要：為探討腹主動脈瘤（Abdominalaorticaneurysm，AAA）中壞死性凋亡相關基因的調控網絡，識別早期診斷指標及治療靶點，從基因表達綜合數據庫（GeneExpressionOmnibus，GEO）獲取GSE98278和GSE47472數據集，篩選壞死性凋亡（Necroptosis）相關差異表達基因，進行GeneOntology（GO）功能注釋和Kyoto Encyclopedia of...

國際計算生物學學會簡介

摘要：國際計算生物學學會（International Society for Computational Biology, ISCB）是計算生物學和生物信息學領域最大的國際組織和學術團體（https://www.iscb.org），中國分會ISCB-China已于兩年前成立（https://www.iscb-cn.org.cn）。本文介紹ISCB創建歷史、基本架構、主要活動、所設獎項、華人會士和到訪過中...

基于生物信息學分析干燥綜合征患者唾液腺免疫微環境的改變

摘要：干燥綜合征（Sj?gren's Syndrome， SS）是一種慢性自身免疫性疾病，特征為淚腺和唾液腺淋巴細胞浸潤，引起眼干和口干。盡管其臨床特征已較為明確，但對其免疫微環境的機制仍需深入探索。本研究通過對SS患者唾液腺組織的芯片數據和單細胞轉錄組測序數據進行分析。從GEO（Gene expression omnibus）數據庫下載唾液腺組織數據集GSE127952、GSE40611、GSE231...

新咔唑生物堿Clausenanisine B抗糖尿病的網絡藥理學與分子動力學研究

摘要：新咔唑生物堿Clausenanisine B（CB）在前期的活性篩選中發現該化合物對α-葡萄糖苷酶具有良好的抑制活性，IC₅₀值為8.27 ± 0.42 μmol/L。然而，其在糖尿病當中的作用和機制尚未完全確定。本研究通過網絡藥理學、分子對接和分子動力學模擬研究了CB治療糖尿病的潛在作用機制。結果顯示PPI網絡的拓撲分析揭示了12個糖尿病相關的核心靶點，這些靶點構成了一個典...

小單孢菌屬次級代謝產物合成基因簇及抗性基因分析

摘要：為探究小單孢菌屬次級代謝產物生物合成基因簇及抗生素抗性基因的耐藥特征，選取96株小單孢菌的全基因組展開分析，運用antiSMASH和MIBiG等工具預測其次級代謝產物生物合成基因簇及編碼的次級代謝產物，結果顯示：62.5%的小單孢菌基因組中被預測到次級代謝產物生物合成基因簇，其中約80%土壤來源的小單孢菌具有具有編碼羊毛硫肽化合物與非核糖體多肽合成酶等代謝物的潛力；不同來源小單孢菌次級代謝產物類型...

急性心肌梗死中鐵代謝相關的關鍵基因篩選及治療藥物預測

摘要：為探究診斷急性心肌梗死的生物標志物與免疫細胞浸潤的相關性，通過生物信息學和機器學習算法篩選急性心肌梗死中鐵代謝相關的關鍵表達基因。使用生物信息學方法從基因表達譜(GEO)數據庫中下載2個急性心肌梗死相關芯片數據集，其中GSE34198作為訓練集，GSE66360作為驗證集。對數據集GSE34198與鐵代謝相關基因數據集取交集進行后，獲得鐵代謝相關差異表達基因(DEGs)，進行功能富集分析。通過La...

葡萄miRNA跨界調控人類靶基因預測及生物信息學分析

摘要：葡萄作為一種藥食同源性植物，其果實和種子均具有較高的營養價值，葡萄中的多種成分均具有抗氧化性，本研究旨在從植物miRNA跨界調控角度挖掘葡萄miRNA靶向調控的人源基因，進一步揭示葡萄miRNA跨界調控人體的生物學意義。為開發藥食同源植物資源、尋找安全有效的植物性藥物提供新見解。首先使用PmiREN數據庫對Vvi-miRNA的成熟序列進行查詢，通過psRNATarget數據庫對Vvi編碼的10種m...

基于生物信息學解析NAT9在肝癌中的分子特征及預后價值

摘要：為探討NAT9在肝癌組織中的表達及其對肝癌患者臨床預后的影響。使用TCGA數據庫檢索肝癌相關數據，使用R軟件分析肝癌中NAT9的表達差異及與臨床病理特征之間的相關性，通過qRT-PCR檢測肝癌臨床樣本中NAT9的表達，并分析其表達與關鍵臨床表征的相關性。使用Kaplan-Meier plotter分析NAT9在肝癌中的預后價值。通過單因素及多因素Cox比例風險回歸模型分析肝癌患者預后的影響因素。通...

基于CCFV方法對廣西欽州HIV分子網絡進行構建

摘要：分子網絡構建是研究HIV傳播的關鍵技術，但傳統序列比對法計算基因距離耗時長，難以處理大規模數據。本文提出一種基于相關系數特征向量（CCFV）的非序列比對方法，用于高效構建廣西欽州HIV分子網絡。CCFV通過將序列切割為K個子序列，提取核苷酸頻率、位置及L步延遲相關性特征，生成K×16×L維特征向量，并以歐氏距離計算序列間基因距離。基于中國疾控中心提供的2016～2020年2 794條HIV pol...

α-淀粉酶的性質特點及其生物信息學研究方法

摘要：α-淀粉酶是一種非常重要的生物大分子，在實際中的應用包括淀粉加工、生物燃料生產，以及在食品、造紙、紡織、環境污染物生物修復以及臨床醫療等諸多領域都有廣泛的應用。在生物學研究中也常常將其作為一種重要的靶標酶進行深入分析。近年來，國內外的不少生物科學研究都在實際生物學濕實驗基礎上同時采用生物信息學方法對α-淀粉酶進行深入和詳細的分析和探索，特別是在其性質定量化、同源性和進化分析、底物作用、性能改進以及...

多尺度異構網絡拓撲和多模態屬性增強的藥物相關副作用預測

摘要：藥物的副作用是藥物在臨床試驗中失敗的主要原因之一，因此預測藥物的副作用可以幫助降低藥物開發成本。本文提出了一種基于圖Transformer和循環門控卷積網絡的藥物和副作用關聯預測方法（HMMDS）。該方法編碼并整合了來自多尺度的鄰居拓撲、多個異構網絡的共有特征和節點對的多模態屬性。在每個藥物-副作用異構網絡中，一個目標藥物（副作用）節點具有多個尺度的鄰居拓撲。一個新的多尺度鄰居拓撲嵌入模塊被建立起...

線粒體功能障礙與自噬在肺結核中的交互作用及潛在生物標志物探究

摘要：為探究線粒體功能障礙與自噬相關基因在肺結核中的作用及診斷價值，本研究采用生物信息學方法進行系統分析。首先，從GEO數據庫獲取肺結核轉錄組數據集GSE83456并進行差異分析，同時從MitoCarta 3.0數據庫獲取線粒體功能障礙相關基因（MRGs）。基于自噬相關基因，利用WGCNA鑒定肺結核中與自噬相關的模塊基因（ARMGs）。隨后，將DEGs、MRGs和ARMGs取交集獲取候選基因，并對其進行...

系統性紅斑狼瘡和動脈粥樣硬化共享分子機制的綜合生物信息學分析

摘要：通過綜合生物信息學分析探索系統性紅斑狼瘡(SLE)與動脈粥樣硬化(AS)之間的共享分子機制。GEO數據庫獲取SLE和AS微陣列數據，選取兩種疾病中共享差異表達基因(DEGs)并進行功能分析。Cytoscape軟件構建共享DEGs的蛋白質-蛋白質相互作用網絡(PPI)及鑒定樞紐基因。外部數據集驗證樞紐基因的表達。HMDD數據庫篩選出SLE和AS共有miRNA,MiRTarbase數據庫預測miRNA...

基于人工神經網絡模型的骨肉瘤線粒體基因特征提取與預測

摘要：為建立基于GEO數據庫的骨肉瘤（Osteosarcoma， OS）線粒體相關基因的人工神經網絡模型并評價其預測性能和生物學意義。收集來自GEO數據庫的OS患者基因表達數據，以GSE33383作為OS的訓練數據集，通過差異分析和加權基因共表達網絡分析（Weighted gene co-expression network analysis， WGCNA）確定OS中線粒體相關候選基因；利用最小絕對收縮...

N-PIP：面向微擬球藻啟動子識別的新型可解釋深度學習框架

摘要：微擬球藻是一類重要的海洋微藻，以其菌株多樣性和高產性而聞名。然而，利用野生型菌株iyaob和傳統栽培方法實現最佳產量面臨挑戰。啟動子在調節基因表達中起著至關重要的作用，但目前用于識別微擬球藻啟動子的算法在準確性和可解釋性方面存在局限性。為了解決這個問題，本研究提出了一種針對微擬球藻啟動子識別的新型可解釋性深度學習框架（Nannochloropsis promoter interpretable p...

生物信息學2025年度優秀審稿專家

摘要：<正>~

生物信息學2025年第23卷總目次

摘要：<正>~

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